手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇
大家在读者高分文献时，是不是不会常常找到像下面这些让人过目不忘的蛋白质结构图。像这样的：这些图都是可以用PyMOL这个软件做到出来的，那么什么是PyMOL呢？软件以Py＋MOL命名：“Py”回应它是由一种计算机语言Python所派生出来的，“MOL”回应它是用作表明分子（英文为molecule）结构的软件。它是一个开放源码，由WarrenLyfordDeLano撰写，并且由DeLanoScientificLLC将它商业化。
大家在读者高分文献时，是不是不会常常找到像下面这些让人过目不忘的蛋白质结构图。像这样的：这些图都是可以用PyMOL这个软件做到出来的，那么什么是PyMOL呢？软件以Py＋MOL命名：“Py”回应它是由一种计算机语言Python所派生出来的，“MOL”回应它是用作表明分子（英文为molecule）结构的软件。它是一个开放源码，由WarrenLyfordDeLano撰写，并且由DeLanoScientificLLC将它商业化。
01界面讲解大家关上PyMOL后，不会看见右图右图的界面这个界面分成2个窗口，上面的我们叫它外部GUI窗口（ExternalGUI）下面的部分我们称作Viewer窗口。Viewer窗口又分成左右两块，左边用来表明结构图像（viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI）。
Viewer自身包括了一个命令行（我们可以看见左下角的PyMOL＞提示符），可以用来输出PyMOL命令；在InternalGUI的右上角我们可以看见五个用有所不同颜色区分出去的按键，A、S、H、L、C分别回应Action、Show、Hide、Label、Color五个单词。对应的含义我会在先前的实例中展示给大家。
02基本操作蛋白文件的基本格式是PDB，以1kim这个胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构为例和大家介绍一下pdb文件是怎样表明的。读取这个文件有三种方法：在ExternalGUI中自由选择File＞Open，或者用于命令行：load获得下面这个图像：这样的图像并无法确切地表明蛋白质的二级结构，我们可以通过以下的路径让它表明得更加确切一些。页面S＞as＞cartoon，整个蛋白就以α螺旋和β拉链的形式表明出来但是全部都是绿色。
此时不会感觉仍然并没明晰地分离，我们可以通过下面路径展开颜色上的区分，页面C＞byss＞HelixSheetLoop，这样就可以对有所不同的二级结构展开着色。（SS即secondarystructure）大家在文献里看见的蛋白结构的背景色一般都是白色的，但是PyMOL配置文件的背景色是黑色的，我们怎么把背景色调整为白色呢？大家可以试着如下图一样操作者，在ExternalGUI的上半部分窗口菜单内页面Display＞Background＞White，获得以下图像。
可能会找到构成的图像锯齿相当严重，那么怎么转变这个现象呢？我们可以试着利用PyMOL自带的美化程序，对图像展开图形。如下图操作者，页面右上角Draw／Ray，自由选择Ray，对图片展开图形，并可以对图像分辨率必要展开调整获得美化后的图像（背景半透明，可以必要引入PS对图像展开更进一步编辑）。如果电脑的配备过于，我们还可以自由选择闲置系统资源较少，速度更慢的Draw，获得右图。
在调整完后，可以必要展开留存图像，一般留存两种形式，一种是PNG的图片形式，一种是原先的PyMOL格式，以后可以在此基础上再行展开改动。
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